در سال۱۳۸۳با توجه به کثرت داوطلبان ورود به دانشگاه و عدم پاسخگویی دانشگاه ها و موسسات آموزش عالی دولتی و غیردولتی به نیاز جامعه طی چند نشست با حضور اساتید دانشگاه و حوزه، به دلایل و اهداف ذیل تأسیس یک مرکز آموزش عالی در خمینی شهر به تصویب رسید.

۱- موقعیت ممتاز جغرافیایی شهرستان خمینی­شهر دردسترسی آسان به دانشگاه­های مهم اصفهان، علوم پزشکی اصفهان و صنعتی اصفهان و امکان استفاده از منابع  این سه دانشگاه همچون اساتید، کتابخانه­ها و فضاهای آموزشی و…

۲- استقبال جوانان از تحصیل در مقاطع عالی و عدم پاسخگویی امکانات بالفعل وزارت علوم تحقیقات و فناوری به این نیاز در آن زمان

۳- تحقق خدمتی علمی- فرهنگی مؤثر و متعالی در سطح محلی، استانی و کشوری

بر این اساس و با توجه به آئین نامه تأسیس مؤسسات آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، یک هیأت مؤسس براساس دستورالعمل وزارت علوم به شرح زیر تشکیل و برای پیگیری و راه اندازی یک مؤسسه آموزش عالی در خمینی شهراقدام نمود، پس از طی مراحل قانونی و طولانی تأسیس مؤسسات آموزش عالی، سرانجام در سال ۱۳۸۵ مجوز تأسیس «مؤسسه آموزش عالی فیض الاسلام» طی نامه شماره ۴۶۰۴/۲۲ مورخ ۲۷/۴/۱۳۸۵ وزارت علوم ،تحقیقات وفناوری ،صادر گردید و از مهرماه سال ۱۳۸۵ کار خود را با جذب دانشجو از طریق کنکور سراسری وزارت علوم تحقیقات و فناوری درسه رشته شروع نمود. طی سال‌های ۱۳۸۵ تا ۱۳۹۰ با رایزنی های فراوان، به منظور احداث ساختمان مؤسسه، سرانجام به خرید یک قطعه زمین در خیابان ساعی خمینی شهر و ساخت آن در پنج طبقه با مساحتی بالغ بر سه هزار مترمربع اقدام نمود و در شهریور ۱۳۹۰ به محل ساختمان جدید انتقال یافت. این مؤسسه به دلیل استقبال بیشتر دختران از آموزش عالی در سطح کشور و به دلیل اعتقاد هیأت مؤسس به تفکیک دختران و پسران در امر آموزش به ویژه در سن بلوغ، ویژه دختران است که این نکته انگیزه بسیاری از خواهران و خانواده ها در انتخاب این مؤسسه به عنوان محل تحصیل دختران خود شده است.